历史

安装

(相关资料图)

基本使用方法

向 Zotero 中加入文献

功能小结

插件安装方法

Better BibTex 设置

Zotfile 同步设置

结语

在视频【从零搭建Emacs个人知识库】什么是双链笔记与 org-roam 初体验中, 我们介绍了个人知识库与卡片盒笔记的基本概念. 卢曼的卡片盒笔记系统大致将笔记分为3类: 灵感笔记, 文献笔记与永久笔记. 我们的学习和科研也离不开大量文献的阅读. 因此, 如何在我们的笔记系统中加入与文献或文献笔记的联系就至关重要. 今天我将给大家一款简单实用的文献管理软件: Zotero. Zotero 可以帮助我们收集文献的引用信息, 以及管理文献的 pdf 全文. 下一期我们将介绍如何把 Zotero 整合到 org-roam 的工作流程中. 我使用 Zotero 也有10年时间了, 这绝对是一个对科研帮助很大的工具.

历史

Zotero 原本是火狐 (Firefox) 浏览器中的一个插件, 用于从网页上读取文献信息或保存网络快照等, 在火狐上可以直接使用, 而在其它浏览器上需要配合浏览器插件. 2017 年 Zotero 5.0 发布, Zotero 成为一个独立的软件. 在所有浏览器中使用都需要同时运行 Zotero.

安装

Zotero 和它的浏览器插件 (Zotero Connector) 都可以从它的官网: https://www.zotero.org/download/上下载. Zotero 的PC端支持 Windows, MacOS, Linux 等系统, 移动端暂时只支持苹果系统, 但在安卓上有第三方软件. 浏览器插件支持 Edge, Chrome, Safari 以及 Firefox 等主流浏览器.

基本使用方法

Zotero 的界面从左至右分为3部分. 中间是文献列表, 右边是当前选中文献的信息, 包括标题, 作者等. 具体的信息类型会根据文献的类别, 如期刊文献, 书藉, 网页, 学位论文等, 而有所有不同. 最左边是用户自己设置的收藏夹 (collection), 可以嵌套, 用于文献的整理和分类.

同一个文献可以出现在多个不同的收藏夹. 把文献加入收藏夹的方式很简单: 用鼠标拖动文献至指定的收藏夹即可.这里有一个小技巧, 按住 <ctrl> 并点击文献, 左边一栏就会高亮文献出现的所有收藏夹.

除了按照主题分类文献外, 我也常会把同一研究课题相关的文献放在同一个收藏夹. 当需要撰写课题相关的论文时, 可以使用 Zotero 的导出功能, 将同一个收藏夹内的参考文献信息导出成 .bib 文件. 如果不用 LaTeX 进行写作, 也可以导出成其它常见格式用于论文写作. 导出文献非常灵活, 你也可以选中任意数目的文献, 然后鼠标右键菜单中选择导出即可.

文献可以有附件, 一般是 pdf. 这里的 pdf 文件既可以是下载文献信息时 Zotero 自动下载的, 也可以是你手动添加的. 当文献有 pdf 附件时, 只要双击就能在 Zotero 的内置 pdf 阅读器内打开. 最新的 pdf 阅读器效果还是很不错的, 可以高亮批注等等, 也可以与 Zotero 其它文献阅读功能配合, 当然我们最终会使用 Emacs 中的 org-noter 来进行文献阅读. 你也可以设置用电脑上其它的 pdf 阅读器打开 pdf 的默认阅读器.

向 Zotero 中加入文献

Zotero 的强大就在于它加入文献的方式非常灵活. 主要用下面3种方式.

通过浏览器中的 Zotero Connector 插件

通过文献的标识码

通过本地的 pdf 文件

在第一种方法中, 打开任意包含文献的网站 (最好是期刊官网), 点击 Zotero 插件的图标就可以自动读取网页上的文献信息. 如果网站上允许下载 pdf 全文, Zotero 还会自动下载. 对于普通网页, Zotero 默认会保存网页快照. 这在10年前网速和流量短缺时是一很有用的功能, 可以在有限的时间内快速保存网页以便以后阅读, 如今用处不大了.

第二种方法支持的标识码包括 DOI, ISBN, Arxiv ID 等. 点击 Zotero 文献列表上左起第二个画笔的小图标, 输入标识码, 就可以自动下载文献和 pdf 文件.

这里推荐大家尽量使用前两种方式下载, 因为这样可以保证你在论文写作时, 所引用的参考文献的信息是准确无误的. 这里首要是保证文献信息的来源准确. 当你有了文献信息后, 也可 c 通过其它手段下载 pdf 全文, 然后在 Zotero 中用右键点击文献, 选择添加 pdf 附件 (attachment).

如果实在不得已, 你也可以采用第三种方法: 手动从本地的 pdf 文件创建一个文献条目. 方法是点击文献列表上左起第一个绿色的加号, 选择 Store copy of file. Zotero 会尝试从 pdf 文件中读取文献的信息并生成一个文献条目.

我们在使用中重复添加一个文献是很常见的, 比如说你可能几年前找过这个文献, 但你忘记了, 后来又在做另一个课题的时候碰到了. 在 Zotero 中有一个很方便的功能, 可以快速整合不同版本的文献信息. 点击左侧收藏夹最下面的 Duplicate Items, 就会显示文献库中所有重复的条目. 我们可以手动选择保留哪一个版本的标题, 作者, 期刊信息等, 然后选择 Merge, 将不同版本的文献合并成同一个条目.

功能小结

总结起来, Zotero 实现了如下核心功能

收集并整理文献信息

根据需要导出文献引用信息

管理文献 pdf

因为 Zotero 还有一个强大的生态, 所以它的功能远不止上面介绍的这些. 我平时使用更多是把 Zotero 作为个人资料库里文献管理的一个入口, Zotero 的其它功能也可以在 Emacs 中更好地实现. 但是在这里还是要向大家介绍两个非常实用的 Zotero 插件: Better BibTeX 和 ZotFile.

Better BibTeX 可以优化导出 .bib 文件时引用键名的生成, 还可以对导出的 .bib 文件实时更新. 它也是 Zotero 与其它笔记软件, 如 Org-Roam, Obsidian, Roam Research 等进行交互的必备插件.

ZotFile 补充了一些 pdf 文件管理的功能. 它可以自动对 pdf 附近按自定义规则重命名, 并用个人网盘同步, 解决 Zotero 的同步问题.

插件安装方法

要安装 Zotero 插件, 我们首先在它的插件网站上下载对应的 .xpi 格式文件, 然后打开 Tools -> add-ons , 选择从文件进行安装即可.

Better BibTex 设置

Better BibTex 的设置在 Edit -> Preference 下.

首先修改引用键名的格式. 比如这里我推荐的一个设置是 authorsAlpha+year+shorttitle(3,3)

authorsAlpha: 采用 bibtex 中的 alpha 风格; 单作者取姓的前3字母, 2个以上取首字母

year: 4位数字年份

shorttitle(m,n): 标题前 m 个单词, 其中前 n 个单词首字母大写

大家可以在 https://retorque.re/zotero-better-bibtex/citing/ 中找到更多的设置键名设置的原则是在突出重要信息的前提下尽量简短. 也方便有时我们直接在 pdf 文件目录进行搜索 (如在手机和平板上).

第二, 为了保证键名的唯一性, 大家可以在下面勾选 across all libraries.

最后, 我们可以设置 Better BibTeX 自动更新导出的 .bib 文件. 当我们选中一个收藏夹并且导出时, 选择 Better BibTeX 格式, 并且勾选下面的 "自动更新". 然后, 我们在 Better BibTeX 的设置的 Automatic Export 这一页就可以看到刚刚导出的 .bib 文件了. 我们可以把更新的频率选为 On change, 即随时更新.

Zotfile 同步设置

在 Edit -> Preference -> Sync 下面, 大家可以注册并登录 Zotero 帐号实现不同设备间的同步. 但是 Zotero 的免费空间只有500M, 这对于 pdf 文件的同步是不够的. 所以建议大家用下面介绍的 ZotFile 同步 pdf 附件, 而让 Zotero 只负责同步文献信息.

Better BibTeX 的键名无法同步, 但是只要规则相同, 产生的键名是一样的. 在新机器上建议大家先设置好 Better BibTeX 的键名规则, 再登录 Zotero 帐号同步文献信息. 如果已经同步了文献信息, 则需要手动更新所有的 Better BibTeX 键名, 大的文献库需要几分钟的时间.

下面我们讲解 Zotfile 的设置. 设置界面在 Tools -> ZotFile Preference 菜单下.

第一步, 我们设置在 General Settings -> Custom Locations 下设置一个同步目录. 这里你可以设置为个人网盘里一个子目录. 下面还有一个是否使用子文件夹的选项, 没必要勾选, 因为子文件夹不方便搜索, 而且 Zotero 本身的收藏夹功能已经对文献做好分类了. 存储时没必要再分一次类.

第二步, 我们给 ZotFile 设置一个统一的命名规则, 用于给新添加的 pdf 文件重命名. 设置在 Renaming Rules 下面. 这里推荐使用 %b, 即采用了之前 BibTeX 的键名作为文件名.步, 因为 ZotFile 可以自动给所以我们要设置一个d. 利于我们在不同机器上的使用. 这样设置也可以方便笔记软件在读取 .bib 文件时能通过键名更快地找到对应的 pdf 文件. 也方便我们自己的查打.

最后, 我们在 Advanced Settings -> automatically rename new attachment 中选择 alwasy rename. 这样可以对对 Zotero 自动下载的 pdf 文件自动重命名并移动至我们的个人网盘中. 如果你是手动加入的 pdf 文件, 也可以手动重命名并移动 pdf 文件. 方法是右键点击文献条目, 选择 rename and move .